Microcephalic Primordial Dwarfism (MPD) is a group of diseases characterizedby clinical findings such as short stature, central nervous system anomalies,microcephaly and prenatal and postpartum growth retardation, which is usuallyinherited autosomal recessively. A mutation was identified on the CCDC84 gene in anindividual of MPD-related family by genetic mapping studies conducted in ourdepartment. Within the scope of the studies carried out to investigate the function ofCCDC84, preliminary data was obtained by using affinity purification-massspectrometry approach that CCDC84 interacts with Pre-mRNA Processing Factor 3(PRPF3), which is a core protein of U4/U6 di-snRNP and plays a critical role in mRNAsplicing. In this thesis study, it was aimed to further investigate the interaction betweenCCDC84 and PRPF3 and to reach the data by determining the effect of mutationidentified on CCDC84 in order to elucidate the role of CCDC84. In this context,immunoprecipitation-immunoblot, immunofluorescence and in-vitro pull downapproaches showed that CCDC84 and PRPF3 interact directly and they are co-localizedin the nucleus. It was also shown that the mutation identified on CCDC84 disrupts theinteraction with PRPF3 significantly. Furthermore, the direct interaction betweenCCDC84 and PRPF3 was shown to be via PRP3 domain of PRPF3. As a result; it wasshown with this thesis study that CCDC84, which was associated with MPD by ourgroup, interacts directly with PRPF3, the core protein of U4/U6 di-snRNP involved inpre-mRNA splicing. In conclusion, CCDC84 has been shown to be a criticallyimportant protein in RNA splicing.Key Words: CCDC84, Microcephaly, Protein-protein interaction, PRPF3, RNAsplicing.

Mikrosefalik Primordial Dwarfism (MPD); kısa boy, merkezi sinir sistemianomalileri, mikrosefali gibi klinik bulgularla karakterize, genellikle otozomal resesifkalıtılan doğum öncesi ve doğum sonrası büyüme geriliğinin görüldüğü bir hastalıkgrubudur. Anabilim dalımızda yürütülen genetik haritalama çalışmaları sonucundaMPD ile ilişkilendirilen bireyin bulunduğu bir ailede CCDC84 geni üzerinde mutasyontanımlandı. CCDC84'ün fonksiyonunun araştırılmasına yönelik yürütülen çalışmalarkapsamında ise afinite pürifikasyon-kütle spektrometresi yaklaşımıyla CCDC84'ünmRNA kırpılmasında kritik rolü olan ve U4/U6 di-snRNP yapısında kor protein olarakyer alan Pre-mRNA Processing Factor 3 (PRPF3) ile etkileştiği ön verisine ulaşıldı. Butez çalışması kapsamında CCDC84 ile PRPF3 arasındaki etkileşimin daha ileri düzeydearaştırılması ve CCDC84 üzerinde tanımlanan mutasyonun etkileşim üzerine etkisibelirlenerek CCDC84'ün rolünün aydınlatılmasına yönelik verilere ulaşılmasıamaçlanmıştır. Bu kapsamda yürütülen immünopresipitasyon-immünoblot,immünofloresan ve in-vitro pull down yaklaşımları ile CCDC84 ile PRPF3'ün doğrudanetkileştiği ve çekirdekte birlikte yerleşim gösterdiği, CCDC84 üzerinde tanımlananmutasyonun PRPF3 ile etkileşimi belirgin düzeyde bozduğu gösterildi. Ayrıca,CCDC84 ile PRPF3 arasındaki etkileşimin PRPF3'ün PRP3 domaini üzerinden olduğugösterildi. Sonuç olarak bu tez çalışması ile MPD ile tarafımızdan ilişkilendirilmiş olanCCDC84'ün, pre-mRNA'nın yapısından intronların çıkartılmasında rol alan ve U4/U6di-snRNP'nin kor proteini olan PRPF3 ile doğrudan etkileştiği gösterilerek CCDC84'ünRNA kırpılmasında kritik öneme sahip bir protein olduğu gösterilmiştir.Anahtar Sözcükler: CCDC84, Mikrosefali, Protein-protein etkileşimi, PRPF3, RNAkırpılması.