Thesis Details

Transcriptional control of Stim1 gene by transcription factor NEUROD2 = Stim1 geninin transkripsiyon faktörü NEUROD2 tarafından transkripsiyonel kontrolü

Authors:

İşleyen, Fatma Sadife

Publisher:

Koç Üniversitesi

Main Topics:

Biology | Genetics and evolution | Medicine

Document Type:

Thesis

Program Type:

Master

Publication Date:

12/2016

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000372731

Descriptors:

Abstract

Neurogenic differentiation factor 2 (NEUROD2) transcription factor, a member of basic helix-loop-helix transcription factor family, have essential roles in brain development. Studies performed in our laboratory have revealed Stim1 gene among the top targets of NEUROD2. STIM1 functions as a sensor of endoplasmic reticulum (ER) calcium store levels. Upon store depletion, STIM1 activates store-operated calcium entry (SOCE). NEUROD2 binds to an intronic element within Stim1 gene and regulates its expression.My thesis is composed of three major parts. In the first part, I investigated the functions of NEUROD2 by binding to Stim1 intronic element. I found that NEUROD2 does not function as a repressor by binding to Stim1 intronic element. Indeed, my results suggest that NEUROD2 might function as part of an insulator complex.In the second part, I investigated the effect of NEUROD2 on SOCE in cortical neurons by calcium imaging. My results indicated that the overexpression of Neurod2 does not cause a change in neuronal SOCE response at 5 day in vitro (5DIV). I also tested the effect of Neurod2 knock-down on neuronal SOCE response at 5DIV but my results were inconclusive.In the last part, I aimed to delete Stim1 intronic region comprising clustered E-boxes where NEUROD2 binds to by using CRISPR-Cas9 genome editing system. A better understanding of functions of NEUROD2 regulation of Stim1 expression can be developed by examining the effects of this deletion in the context of cortical development.

Bazik heliks-lup-heliks transkripsiyon faktörü ailesinin bir üyesi olan Neurogenic differentiation factor 2 (NEUROD2) beyin gelişiminde önemli rol oynar. Laboratuvarımızda yapılan çalışmalar, Stim1 geninin NEUROD2'nun hedef genleri arasında ilk sıralarda olduğunu ortaya çıkarmıştır. STIM1 endoplazmik retikulum kalsiyum depolarının sensörü olarak görev yapar. Kalsiyum depo seviyeleri azaldığında, STIM1 store-operated-calcium-entry (SOCE) aktivasyonunu sağlar. NEUROD2 Stim1 geni üzerinde intronik bir elemente bağlanarak STIM1 gen ifadesini regüle eder. Tezim üç ana kısımdan oluşmaktadır. Birinci kısımda, NEUROD2'nin Stim1 intronic elemente bağlanmasının işlevlerini inceledim. NEUROD2'nin Stim1 intronik elemente bağlandığında bir represör olarak çalışmadığını buldum. Aslında, sonuçlarım NEUROD2'nin bir insulator kompleksinin parçası olarak çalıştığını önerir.İkinci kısımda, NEUROD2'nin kortikal nöronlarda SOCE üzerindeki etkisini inceledim. Sonuçlarım NEUROD2 overekspresiyonunun 5 day in vitro'da (5DIV) nöronal SOCE yanıtında bir değişikliğe neden olmadığını gösterir. Ayrıca, NEUROD2 seviyesini baskılamanın nöronal SOCE yanıtına 5 DIV'de etkisini de inceledim fakat sonuçlarım bir kanıya varmak için yetersizdi.Son kısımda, NEUROD2 bağlanma bölgesini içeren ve 4 E-box motif bulunduran Stim1 intronik elementi CRISPR-Cas9 genom editleme sistemi ile silmeyi amaçladım. Bu silinmenin etkileri incelendiğinde, Stim1 gen ifadesinin NEUROD2 regülasyonunun kortikal gelişim üzerindeki işlevleri daha iyi anlaşılabilir.

Thesis Details

Transcriptional control of Stim1 gene by transcription factor NEUROD2 = Stim1 geninin transkripsiyon faktörü NEUROD2 tarafından transkripsiyonel kontrolü

Authors:

İşleyen, Fatma Sadife

Publisher:

Koç Üniversitesi

Main Topics:

Biology | Genetics and evolution | Medicine

Document Type:

Thesis

Program Type:

Master

Publication Date:

12/2016

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000372731

Descriptors:

BIOLOGY

GENETICS

NEUROLOGY

Abstract

Thesis Details

Transcriptional control of Stim1 gene by transcription factor NEUROD2 = Stim1 geninin transkripsiyon faktörü NEUROD2 tarafından transkripsiyonel kontrolü

Authors: İşleyen, Fatma Sadife

Publisher: Koç Üniversitesi

Main Topics: Biology | Genetics and evolution | Medicine

Document Type: Thesis

Program Type: Master

Publication Date: 12/2016

Document Language: English

Document ID (Org No.): 2000372731

Descriptors:

BIOLOGY

GENETICS

NEUROLOGY

Abstract

Authors:

İşleyen, Fatma Sadife

Publisher:

Koç Üniversitesi

Main Topics:

Biology | Genetics and evolution | Medicine

Document Type:

Thesis

Program Type:

Master

Publication Date:

12/2016

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000372731