Thesis Details

Antibakteriyel etkili ofloksasin`in multispektroskopik olarak dna ile etkileşimi ve moleküler kenetlenme çalışmaları = Investigation of antibacterial drug ofloxacin interaction with dna by spectroscopic techniques and molecular docking studies

Authors:

Özaltay, Ayşe

Publisher:

Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

Main Topics:

Chemistry & allied sciences

Document Type:

Thesis

Program Type:

Master

Publication Date:

12/2019

Document Language:

Turkish

Document ID (Org No.):

2000121968

Descriptors:

CHEMISTRY

Abstract

Since the double helix structure of the DNA molecule was illuminated by Watson-Crick, drug design studies have gained momentum. With the covalent and non-covalent interactions of anticancer and antibacterial drugs with DNA, new drugs have been developed and human health has been brought to a more prosperous level.In this thesis study, interaction studies of antibacterial effective ofloxacin drug active substance with fluoroquinolones class antibiotics with DNA were investigated by multispectroscopic techniques such as Uv-vis, Photoluminescence. Molecular docking studies of DNA interaction have been done theoretically. DNA interaction mechanism was calculated theoretically and compared with molecular docking studies. In the UV-vis experiment, the binding constant (Kb) was found to be 1.89 ± 0.3 x 104 M-1 for OFX. The binding constant (KSV) for the fluorescent quenching experiment was found to be 1.93 x 104 M-1 for OFX. Based on molecular modeling and docking studies, the binding affinity between OFX and DNA was found to be -8.4 kcal / mol. The DNA-docked OFX model and binding mode correlated with the experimental results and OFX interacted with the DNA over the small groove.

DNA molekülünün Watson-Crick tarafından çift sarmal yapısının aydınlatılmasından bu yana ilaç tasarım çalışmaları hız kazanmıştır. Antikanser ve antibakteriyel ilaçların DNA ile yaptığı kovalent ve kovalent olmayan etkileşimlerle yeni ilaçlar geliştirilerek insan sağlığı daha refah düzeye ulaştırılmıştır.Bu tez çalışmasında Florokinolonlar sınıfı antibiyotiklerden antibakteriyel etkili Ofloksasin ilaç etken maddesinin DNA ile etkileşim çalışmaları Uv-vis, Fotolüminesans gibi multispektroskopik tekniklerle incelenmiştir. DNA etkileşimine ait moleküler kenetlenme çalışmaları teorik olarak yapılmıştır. Moleküler kenetlenme çalışmaları ile DNA etkileşim mekanizması teorik olarak hesaplanıp karşılaştırma yapılmıştır. UV-vis deneyinde bağlanma sabiti (Kb) OFX için 1.89 ± 0.3 x 104 M-1 olarak bulundu. Floresan söndürme deneyi için bağlanma sabiti (KSV) OFX için 1.93 x 104 M-1 olarak bulunmuştur. Moleküler modelleme ve yerleştirme çalışmalarına dayanarak, OFX ve DNA arasındaki bağlanma afinitesi -8.4 kcal/mol olarak bulunmuştur. DNA ile kenetlenmiş OFX modeli ve bağlanma modu, deney sonuçları ile korelasyon göstermiş ve OFX, DNA ile küçük oluk üzerinden etkileşime girmiştir.

Thesis Details

Antibakteriyel etkili ofloksasin`in multispektroskopik olarak dna ile etkileşimi ve moleküler kenetlenme çalışmaları = Investigation of antibacterial drug ofloxacin interaction with dna by spectroscopic techniques and molecular docking studies

Authors: Özaltay, Ayşe

Publisher: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

Main Topics: Chemistry & allied sciences

Document Type: Thesis

Program Type: Master

Publication Date: 12/2019

Document Language: Turkish

Document ID (Org No.): 2000121968