Sığır karkas orijinli Escherichia coli O157 izolatlarının rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA-polimeraz zincir reaksiyonu ile genotiplendirilmesi

Ertan Emek ONUK; Gökhan İNAT; Arzu FINDIK; İnci Ülkü ÇELİKEL; Alper ÇİFTCİ

Article Details

Sığır karkas orijinli Escherichia coli O157 izolatlarının rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA-polimeraz zincir reaksiyonu ile genotiplendirilmesi

Authors:

Ertan Emek ONUK | Gökhan İNAT | Arzu FINDIK | İnci Ülkü ÇELİKEL | Alper ÇİFTCİ

Publisher:

Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü

Main Topics:

Animal husbandry

Journal:

Journal of Etlik Veterinary Microbiology 2010 Vol.21 Issue 2, pp.79-84

Document Type:

Article

Publication Date:

12/2010

Document Language:

Turkish

Document ID (Org No.):

2000420324

eISSN:

2717-8099

pISSN:

1016-3573

Abstract:

 

This study was performed to genotype 32 E. coli O157 isolates originating from bovine carcasses by random amplified polimorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR) methods using two different random primers (M13 and ERIC2) and to evaluate the effect of the different (32, 36, 38 and 40°C) annealing temperatures on RAPD band patterns. Isolates were distributed into 7 and 5 different genotypes using M13 and ERIC2 primers, respectively. It was observed that different annealing temperatures used in this study had not considerable effect on RAPD band variability. In conclusion, it was determined that M13 primer was more convenient to detect genetic variability among E. coli O157 isolates and was useful in epidemiological studies.

 

Bu çalışma, sığır karkas orijinli 32 adet Escherichia coli O157 izolatının iki farklı random primerin (M13 ve ERIC2) kullanıldığı rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA-polimeraz zincir reaksiyonu (RAPD-PCR) metodu ile genotiplendirilmesi ve farklı primer bağlanma ısılarının (32, 36, 38 ve 40°C) RAPD bant paternleri üzerine etkisinin değerlendirilmesi amacıyla yapılmıştır. İzolatlar M13 primeri ile 7, ERIC2 primeri ile 5 farklı genotip içerisinde dağıldı. Çalışmada kullanılan primer bağlanma ısılarının RAPD bant paternlerinin çeşitliliğini dikkate değer bir şekilde etkilemediği görüldü. Sonuç olarak E. coli O157 izolatları arasındaki çeşitliliklerin belirlenmesinde M13 primerinin daha uygun olduğu ve epidemiyolojik çalışmalarda kullanılabilir olduğu belirlendi.

Article Details

Sığır karkas orijinli Escherichia coli O157 izolatlarının rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA-polimeraz zincir reaksiyonu ile genotiplendirilmesi

Authors: Ertan Emek ONUK | Gökhan İNAT | Arzu FINDIK | İnci Ülkü ÇELİKEL | Alper ÇİFTCİ

Publisher: Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü

Main Topics: Animal husbandry

Journal: Journal of Etlik Veterinary Microbiology 2010 Vol.21 Issue 2, pp.79-84

Document Type: Article

Publication Date: 12/2010

Document Language: Turkish

Document ID (Org No.): 2000420324

eISSN: 2717-8099

pISSN: 1016-3573

Issues

Authors:

Ertan Emek ONUK | Gökhan İNAT | Arzu FINDIK | İnci Ülkü ÇELİKEL | Alper ÇİFTCİ

Publisher:

Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü

Main Topics:

Animal husbandry

Journal:

Journal of Etlik Veterinary Microbiology 2010 Vol.21 Issue 2, pp.79-84

Document Type:

Article

Publication Date:

12/2010

Document Language:

Turkish

Document ID (Org No.):

2000420324

eISSN:

2717-8099

pISSN:

1016-3573