MOLECULAR DYNAMICS STUDIES OF THE NOROVIRUS-HOST CELL INTERACTION MEDIATED BY H-TYPE 1 ANTIGEN

Abdulkadir KOCAK; Müslüm YILDIZ

doi:https://doi.org/10.23902/trkjnat.508120

Article Details

MOLECULAR DYNAMICS STUDIES OF THE NOROVIRUS-HOST CELL INTERACTION MEDIATED BY H-TYPE 1 ANTIGEN

Authors:

Abdulkadir KOCAK | Müslüm YILDIZ

Publisher:

Trakya University

Main Topics:

Life sciences

Journal:

Trakya University Journal of Natural Sciences 2019 Vol.20 Issue 1, pp.19-26

Document Type:

Article

Publication Date:

4/2019

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000679105

Frequency:

Bi-Annual

eISSN:

2528-9691

DOI:

https://doi.org/10.23902/trkjnat.508120

Abstract:

 

Noroviruses are the main cause for acute gastroenteritis disease. They
infect the host cell via interaction with HGBA receptors on the cell surface. Virus makes complex
with cell surface receptors through its capsid protein VP1 to enter the cell.
Although the protein has been successfully crystallized in the presence of some
common glycans, the dynamic change in the protein structure when interacting
with sugar moieties has yet to be fully elucidated. This is critically
important since it leads to understanding the protein’s recognition mechanism of
HBGAs and develop therapeutic strategies against the gastroenteritis disease.
Here, we computationally assessed the dynamic features of wild type VP1
envelope protein to get insights into the interactions that can be important
for virus infectivity. We have found that the binding of sugar moiety does not
cause noticeable dynamic changes in the binding region. However, interestingly,
a drastic change occurs in a distant loop lying at the residue numbers of
395-400, which might be indication of an allosteric effect.

 


Akut
gastroenterit hastalığının önemli nedenlerinden biri norovirüslerdir. Konakçı
hücreye, hücre yüzeyindeki çoklu şeker halkalarından oluşan HGBA reseptörleri
ile etkileşerek enfekte olurlar. Hücreye girmek için virüse ait kapsid proteini
hücre yüzeyi reseptörleri ile kompleksleşir. Her ne kadar protein bazı ortak
glikanların varlığında kompleks olarak başarılı bir şekilde kristalize edilmiş
olsa da, şeker kısımlarının bağlanmasından kaynaklanan protein yapısındaki
dinamik değişim henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Virüs proteinin HBGA'lara
bağlanma mekanizmasını anlama ve gastroenterit hastalığına karşı tedavi
stratejileri geliştirmesine yardımcı olması nedeniyle bu dinamik değişimi
anlamak kritik derecede öneme sahiptir. Bu çalışmada, virüs enfeksiyonu için
önemli olabilecek etkileşimler hakkında bilgi edinmek için yabanıl VP1 kapsit
proteininin dinamik özelliklerini moleküler dinamik metotlarla hesapladık.
Şeker kısmının bağlanmasının, bağlanma bölgesinde gözle görülür dinamik
değişikliklere neden olmadığını tespit ettik. Bununla birlikte, ilginç bir
şekilde, allosterik bir etkinin göstergesi olabilecek 395-400 numaralı sekansa
ait amino asitlerinde ihmal edilemeyecek bir hareketlilik meydana geldiğini
gözlemledik. 

.

Article Details

MOLECULAR DYNAMICS STUDIES OF THE NOROVIRUS-HOST CELL INTERACTION MEDIATED BY H-TYPE 1 ANTIGEN

Authors: Abdulkadir KOCAK | Müslüm YILDIZ

Publisher: Trakya University

Main Topics: Life sciences

Journal: Trakya University Journal of Natural Sciences 2019 Vol.20 Issue 1, pp.19-26

Document Type: Article

Publication Date: 4/2019

Document Language: English

Document ID (Org No.): 2000679105

Frequency: Bi-Annual

eISSN: 2528-9691

DOI: https://doi.org/10.23902/trkjnat.508120

Issues

Authors:

Abdulkadir KOCAK | Müslüm YILDIZ

Publisher:

Trakya University

Main Topics:

Life sciences

Journal:

Trakya University Journal of Natural Sciences 2019 Vol.20 Issue 1, pp.19-26

Document Type:

Article

Publication Date:

4/2019

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000679105

Frequency:

Bi-Annual

eISSN:

2528-9691

DOI:

https://doi.org/10.23902/trkjnat.508120