Van Gölü’nden Toplanan Su ve Sediment Numunelerinden İzole Edilen Bakterilerin Lakkaz ve Mannanaz Enzimlerini Üretme Kabiliyetleri

Nevroz ASLAN ERTAŞ; Erdal ÖĞÜN

Article Details

Van Gölü’nden Toplanan Su ve Sediment Numunelerinden İzole Edilen Bakterilerin Lakkaz ve Mannanaz Enzimlerini Üretme Kabiliyetleri

Authors:

Nevroz ASLAN ERTAŞ | Erdal ÖĞÜN

Publisher:

Osman SAĞDIÇ

Main Topics:

Applied physics

Journal:

European Journal of Science and Technology 2020 Vol. Issue 18, pp.545-551

Document Type:

Article

Publication Date:

4/2020

Document Language:

Turkish

Document ID (Org No.):

2000919286

Frequency:

Quarterly

eISSN:

2148-2683

Keywords:

Abstract:

 

The aim of this study is the characterization and diagnosis of bacteria that have the ability to produce laccase and mannanase enzymes from water and sediment samples collected from Lake Van. The material of this research were form  water and sediment samples collected from Van Lake. The isolation study was carried out on the alkali medium by dilution plate method. Isolate with two different colony morphologies were observed. Colony diameter, pigmentation, cell shape, gram reaction, indole test, citrate test, voges-proskauer (vp), arabinose, mannitol, sucrose, adonitol, methyl_d-glycoside, cellobiosis, mannose, salicin, trahelosis, galactose, inositol, rafinose, inulin, sorbitol, xylose, melesitose, glucose, arginine, nitrate reduction, beta galactosidase, oxidase, laccase enzyme activity, mannanase enzyme activity, starch hydrolysis, tween 80 hydrolysis, skim milk hydrolysis and xylan hydrolysis tests have made. The ability of isolates to produce laccase enzyme was evaluated with 0.2% mM ABTS and 0.1% mM CuSO4. Their ability to produce mannanase enzyme was determined using an alkaline medium containing 1% mannose and phenol. 16S rRNA gene region of 2 isolates whose genomic DNA was isolated were amplified with universal primers of 27F and 1492R and sequence analysis was performed. Phylogenic trees were created with the distance matrix of Jukes and Cantor by selecting the Maximum Likelihood algorithm with the Mega 7.0.18 package program. It was observed that all of the isolates were negative in terms of laccase enzyme and N1 and N2 isolates were positive in terms of mannanase enzyme. In the phylogenetic tree created for N1 isolate, Halomonas bacteria was clustered with a strong homology among themselves. Bacillus bacteria were generally clustered with a strong homology in the phylogenetic tree created for N2 isolate. N1 and N2 isolates were diagnosed as N1 Halomonas stevensii and N2 Bacillus agaradhaerens according to their morphological, physiological, biochemical properties and 16S rRNA gene region analysis.

 

Bu çalışmanın amacı, Van Gölü’nden toplanan su ve sediment numunelerinden lakkaz ve mannanaz enzimi üretme kabiliyetlerine sahip bakterilerin karakterizasyonudur. Bu araştırmanın materyalini Van Gölü’nden toplanan su ve sediment numuneleri oluşturmuştur. İzolasyon çalışması dilüsyon plak yöntemi ile alkali besiyerinde gerçekleştirilmiştir. İki farklı koloni morfolojisine sahip izolat gözlemlenmiştir. İzolatlara koloni çapı, pigmentasyon, hücre şekli, gram reaksiyonu, indol testi, sitrat testi, voges-proskauer (vp), arabinoz, mannitol, sükroz, adonitol,metil_d-glikozit, selobiyoz, mannoz, salicin, traheloz, galaktoz, inositol, rafinoz, inulin, sorbitol, ksiloz, melesitoz, glikoz, arjinin, nitrat redüksiyonu, beta galaktosidaz, oksidaz, lakkaz enzim aktivitesi, mannanaz enzim aktivitesi, nişasta hidrolizi, tween 80 hidrolizi, skim milk hidrolizi ve  ksilan hidrolizi testleri uygulanmıştır. İzolatların lakkaz enzimini üretme kabiliyetlerine %0.2 mM ABTS ve %0.1 mM CuSO4 ile bakılmıştır. Mannanaz enzimi üretme kabiliyetleri %1 mannoz ve fenol içeren alkali besiyeri kullanılarak belirlenmiştir. Genomik DNA’sı izole edilen 2 izolatın 16S rRNA gen bölgesi 27F ve 1492R evrensel primerleri ile amplifiye edilip sekans analizi yapılmıştır. Mega 7.0.18 paket programı ile Maksimum Olabilirlik algoritması seçilerek Jukes ve Cantor'un uzaklık matrisi ile filogenik ağaçlar oluşturulmuştur. İzolatların tümünün lakkaz enzimi yönünden negatif olduğu, mannanaz enzimi yönünden  N1 ve  N2 izolatlarının pozitif olduğu görülmüştür. N1 izolatı için oluşturulan filogenetik ağaçta Halomonas bakterileri kendi aralarında güçlü bir homoloji ile kümelenmiştir. N2 izolatı için oluşturulan filogenetik ağaçta Bacillus bakterileri genel olarak güçlü bir homoloji ile kümelenmiştir. N1 ve N2 izolatları, morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal özelliklerine ve 16S rRNA gen bölgesi  analizine göre  N1 Halomonas stevensii  ve  N2 Bacillus agaradhaerens olarak teşhis edilmiştir.

Article Details

Van Gölü’nden Toplanan Su ve Sediment Numunelerinden İzole Edilen Bakterilerin Lakkaz ve Mannanaz Enzimlerini Üretme Kabiliyetleri

Authors: Nevroz ASLAN ERTAŞ | Erdal ÖĞÜN

Publisher: Osman SAĞDIÇ

Main Topics: Applied physics

Journal: European Journal of Science and Technology 2020 Vol. Issue 18, pp.545-551

Document Type: Article

Publication Date: 4/2020

Document Language: Turkish

Document ID (Org No.): 2000919286

Frequency: Quarterly

eISSN: 2148-2683

16S rRNA

mannanaz

lakkaz

Issues

Authors:

Nevroz ASLAN ERTAŞ | Erdal ÖĞÜN

Publisher:

Osman SAĞDIÇ

Main Topics:

Applied physics

Journal:

European Journal of Science and Technology 2020 Vol. Issue 18, pp.545-551

Document Type:

Article

Publication Date:

4/2020

Document Language:

Turkish

Document ID (Org No.):

2000919286

Frequency:

Quarterly

eISSN:

2148-2683