Ordu İli Rubus Türlerinin Moleküler Tanısı ve Filogenisi

Onur KOLÖREN; Seçil EKER

Article Details

Ordu İli Rubus Türlerinin Moleküler Tanısı ve Filogenisi

Authors:

Onur KOLÖREN | Seçil EKER

Publisher:

Türkiye Herboloji Derneği

Journal:

Turkish Journal of Weed Science 2018 Vol.21 Issue 2, pp.39-46

Document Type:

Article

Publication Date:

12/2018

Document Language:

Turkish

Document ID (Org No.):

2000707077

Frequency:

Bi-Annual

eISSN:

2458-7966

pISSN:

1303-6491

Abstract:

 


The aim of this study; identify phylogenetic differences of Rubus spp., which are one of the most common weed species in
the hazelnut and untreated areas of Ordu province in the Eastern Black Sea Region of Turkey, by ITS intergenic spacer. For
this study, 30 population samples were collected from the hazelnut gardens and untreated areas in the Ordu province. DNA
extraction was made by modifying the CTAB (hexadecyl-trimethyl-ammonium bromide) protocol as described by Haymes
(1996). The sequence results in this study were compared with reference sequences from GenBank for the ribosomal RNA
ITS intergenic spacer. Genetic distances for sequences were calculated using MEGA6 packet program and phylogeny trees
were drawn using this date sets. We determined ten Rubus species among our samples (Fatsa 3-F3, Fatsa 6-F6, Persembe 2-
P2, Persembe 5-P5, Camas 3-CM3, Ordu 1-O1, Saraycik 1-S1, Catalpinar 1-CT1, Catalpinar 2-CT2 ve Catalpinar 3-CT3).
Six haplotype were determined. Haplotype I (F3), Haplotype III (P2), Haplotype IV (P5), Haplotype V (CM3, S1) ve
Haplotype VI (O1, CT1, CT2, CT3) appeared as sister R. sanctus (KM037599), Rubus sp. (KM037207), R. divaricatus
(KM037293), R. conothyrsoides (KM037285) and R. capricollensis (KM037256) with 100% nucleotide sequence
similarity. The nucleotide sequence similarity between Haplotype II (F6) with R. capricollensis (KM037256) were 100%.

.

 


Bu çalışmanın amacı, Doğu Karadeniz Bölgesi Ordu ilinin fındık ve boş alanlarında yaygın olarak bulunan yabancı ot
türlerinden biri olan Rubus spp.’nin filogenetik farklılıklarını Ribozomal RNA (rRNA) Internal Transcribed Spacer (ITS)
gen bölgelerini kullanarak belirlemektir. Çalışma için, Ordu ilinden 30 Rubus spp. örnekleri toplanmıştır. DNA izolasyon
prosedürü olan Haymes (1996) CTAB (hexadecyl-trimethyl-ammonium bromide) protokolü modifiye edilerek
uygulanmıştır. Ribozomal RNA (rRNA) ITS gen bölgesi için, GenBankasından temin edilen referans sekans dizileri ile
çalışmada elde edilen sekans sonuçları karşılaştırılmıştır. Dizilerin genetik uzaklıkları MEGA6 paket programı kullanılarak
hesaplanmış ve bu veri setleri ile filogeni ağaçlarının çizimi yapılmıştır. Örnekler arasından (Fatsa 3-F3, Fatsa 6-F6,
Perşembe 2-P2, Perşembe 5-P5, Çamaş 3-CM3, Ordu 1-O1, Saraycık 1-S1, Çatalpınar 1-CT1, Çatalpınar 2-CT2 ve
Çatalpınar 3-CT3) on Rubus türü tespit edilmiştir. Örneklerimizden 6 tane haplotip sonucu çıkmıştır. Bunlardan; Haplotip 1
(F3), Haplotip 3 (P2), Haplotip 4 (P5), Haplotip 5 (CM3, S1) ve Haplotip 6 (O1, CT1, CT2, CT3) %100 nükleotid dizisi
benzerliği bakımından sırasıyla R. sanctus (KM037599), Rubus sp. (KM037207), R. divaricatus (KM037293), R.
conothyrsoides (KM037285) ve R. capricollensis (KM037256) ile yakın akraba olarak belirlenmiştir. Haplotip 2 (F6) ise,
%99,8 nükleotid dizisi benzerliği bakımından R. silvativus (KM037557) ile yakın akraba olarak görülmüştür. 

.

Article Details

Ordu İli Rubus Türlerinin Moleküler Tanısı ve Filogenisi

Authors: Onur KOLÖREN | Seçil EKER

Publisher: Türkiye Herboloji Derneği

Journal: Turkish Journal of Weed Science 2018 Vol.21 Issue 2, pp.39-46

Document Type: Article

Publication Date: 12/2018

Document Language: Turkish

Document ID (Org No.): 2000707077

Frequency: Bi-Annual

eISSN: 2458-7966

pISSN: 1303-6491

Issues

Authors:

Onur KOLÖREN | Seçil EKER

Publisher:

Türkiye Herboloji Derneği

Journal:

Turkish Journal of Weed Science 2018 Vol.21 Issue 2, pp.39-46

Document Type:

Article

Publication Date:

12/2018

Document Language:

Turkish

Document ID (Org No.):

2000707077

Frequency:

Bi-Annual

eISSN:

2458-7966

pISSN:

1303-6491