A Bioinformatics-Based Approach for Designing Primer Sets in Determination of Meat Specificity

Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ; İsmail Hakkı PARLAK; Ercan Selçuk ÜNLÜ; Mehmet MİLLİ; Omer EREN

doi:https://doi.org/10.29130/dubited.898519

Article Details

A Bioinformatics-Based Approach for Designing Primer Sets in Determination of Meat Specificity

Authors:

Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ | İsmail Hakkı PARLAK | Ercan Selçuk ÜNLÜ | Mehmet MİLLİ | Omer EREN

Publisher:

Duzce University

Main Topics:

Applied physics

Journal:

Duzce University Journal of Science and Technology 2021 Vol.9 Issue 5, pp.1669-1675

Document Type:

Article

Publication Date:

10/2021

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000945341

Frequency:

Quarterly

eISSN:

2148-2446

DOI:

https://doi.org/10.29130/dubited.898519

Keywords:

Abstract:

 

Polymerase chain reaction (PCR) and its derivatives are one of the most widely used DNA-based methods in species determination studies in meat and meat products. Chromosomal or mitochondrial genes of the species can be targeted in PCR-based analyzes used in species detection studies. Many researchers are able to realize oligonucleotide differences between species through online alignment programs on mitochondrial DNA. Using chromosomal DNA would provide more concise results in quantification studies. However, determining the marker regions for genomic DNA is challenging due to the large size of the chromosomes. Bioinformatics approaches are available for selected applications. However, using those approaches requires intensive knowledge of computer science, molecular biology, and bioinformatics in addition to high computational power. In this study, a pipeline is presented that will provide a user-friendly approach to be adopted by facilities where contamination analyzes are routinely performed.

 

Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve türevleri, et ve et ürünlerinde tür belirleme çalışmalarında en yaygın kullanılan DNA bazlı yöntemlerden biridir. Tür tespit çalışmalarında kullanılan PCR tabanlı analizlerde türlerin kromozomal veya mitokondriyal genleri hedeflenebilir. Birçok araştırmacı, mitokondriyal DNA üzerindeki çevrimiçi hizalama programları aracılığıyla türler arasındaki oligonükleotid farklılıklarını gerçekleştirebilmektedir. Kromozomal DNA kullanmak, kantifikasyon çalışmalarında daha kısa sonuçlar sağlayacaktır. Bununla birlikte, genomik DNA için işaretleyici bölgelerin belirlenmesi, kromozomların büyüklüğünden dolayı zordur. Biyoinformatik yaklaşımlar, seçilmiş uygulamalar için mevcuttur. Ancak, bu yaklaşımları kullanmak, yüksek hesaplama gücüne ek olarak yoğun bilgisayar bilimi, moleküler biyoloji ve biyoinformatik bilgisi gerektirir. Bu çalışmada, kontaminasyon analizlerinin rutin olarak yapıldığı tesisler tarafından benimsenmesi için kullanıcı dostu bir yaklaşım sağlayacak bir kod akışı sunulmuştur.

Article Details

A Bioinformatics-Based Approach for Designing Primer Sets in Determination of Meat Specificity

Authors:

Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ | İsmail Hakkı PARLAK | Ercan Selçuk ÜNLÜ | Mehmet MİLLİ | Omer EREN

Publisher:

Duzce University

Main Topics:

Applied physics

Journal:

Duzce University Journal of Science and Technology 2021 Vol.9 Issue 5, pp.1669-1675

Document Type:

Article

Publication Date:

10/2021

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000945341

Frequency:

Quarterly

eISSN:

2148-2446

DOI:

https://doi.org/10.29130/dubited.898519

Sekans hizalama

Biyoinformatik

Biyo-hesaplama

Gıda kalitesi

Issues

Article Details

A Bioinformatics-Based Approach for Designing Primer Sets in Determination of Meat Specificity

Authors: Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ | İsmail Hakkı PARLAK | Ercan Selçuk ÜNLÜ | Mehmet MİLLİ | Omer EREN

Publisher: Duzce University

Main Topics: Applied physics

Journal: Duzce University Journal of Science and Technology 2021 Vol.9 Issue 5, pp.1669-1675

Document Type: Article

Publication Date: 10/2021

Document Language: English

Document ID (Org No.): 2000945341

Frequency: Quarterly

eISSN: 2148-2446

DOI: https://doi.org/10.29130/dubited.898519

Sekans hizalama

Biyoinformatik

Biyo-hesaplama

Gıda kalitesi

Issues

Authors:

Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ | İsmail Hakkı PARLAK | Ercan Selçuk ÜNLÜ | Mehmet MİLLİ | Omer EREN

Publisher:

Duzce University

Main Topics:

Applied physics

Journal:

Duzce University Journal of Science and Technology 2021 Vol.9 Issue 5, pp.1669-1675

Document Type:

Article

Publication Date:

10/2021

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000945341

Frequency:

Quarterly

eISSN:

2148-2446

DOI:

https://doi.org/10.29130/dubited.898519