Comparison of Actinobacterial Rhizosphere Communities in Agricultural Soil of Beni-Suef , Egypt , Using Cultural and Non-Cultural Methods = مقارنة بين مجنمعات الأكتينوبكتريا في ريزوسفير التربة الزراعية بمحافظة بني سويف ، مصر ، باستخدام الطرق الزراعية وغير الزراعية

Sallam , Abdel-Aal A.; Tagyan , Aya I.; Mahmoud , Esraa; Hozayen , Walaa G.; Alkhalifah , Dalal Hussien M.; Hozzein , Wael N.

Article Details

Comparison of Actinobacterial Rhizosphere Communities in Agricultural Soil of Beni-Suef , Egypt , Using Cultural and Non-Cultural Methods = مقارنة بين مجنمعات الأكتينوبكتريا في ريزوسفير التربة الزراعية بمحافظة بني سويف ، مصر ، باستخدام الطرق الزراعية وغير الزراعية

Authors:

Sallam , Abdel-Aal A. | Tagyan , Aya I. | Mahmoud , Esraa | Hozayen , Walaa G. | Alkhalifah , Dalal Hussien M. | Hozzein , Wael N.

Publisher:

Egyptian Society for Environmental Sciences

Main Topics:

Agriculture

Journal:

Catrina: The International Journal of Environmental Sciences 2025 Vol.35 Issue 1, pp.17-28

Document Type:

Article

Publication Date:

11/2025

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

273184

Frequency:

Annual

pISSN:

16875052

Descriptors:

Keywords:

Abstract:

 The agricultural soil microbiome in Beni-Suef, Egypt, plays a crucial for crop health and adaptation. However, the diversity and function of its microbial communities, particularly Actinobacteria, key contributors to soil health and nutrient cycling, remain largely underexplored. To investigate microbial diversity, ten rhizosphere soil samples were collected from wheat plants across five distinct regions of Beni-Suef. Both culture-dependent and culture-independent (metagenomic) methods were employed. The culture-independent analysis (metagenomic analysis) focused on identifying dominant Actinobacterial orders, while cultured isolates were identified by 16S rRNA gene sequencing. Metagenomic analysis revealed that Acidimicrobiales dominated the Actinobacterial community (60.0% to 88.0%), followed by Actinomycetales (32.7%-75.6%), Nitriliruptorales (1.5%-4.0%), and Solirubrobacterales (2.0%-6.0%). Ten Actinobacterial isolates obtained through culturing were identified as members of the genera Streptomyces, Saccharothrix, Saccharopolyspora, Nocardiopsis, and Actinocorallia. Data obtained from this study demonstrates that Actinobacterial community structure varies significantly across agricultural sites in Beni-Suef, reflecting the influence of local environmental conditions. Our findings underscore the ecological importance of Actinobacteria in maintaining soil functionality and highlight the value of integrating culture-dependent and -independent methods for comprehensive microbial community analysis.

 تلعب الميكروبيومات الموجودة في تربة الأراضي الزراعية بمحافظة بني سويف، مصر، دورًا أساسيًا في صحة المحاصيل وقدرتها على التكيف. ومع ذلك، لا يزال تنوع ووظائف المجتمعات الميكروبية في هذه التربة، وخصوصًا الأكتينوبكتيريا التي تُعد من العناصر الرئيسية لصحة التربة ودورها في تجويل العناصر الغذائية، غير مستكشفة بشكل كافٍ. ولتحليل التنوع الميكروبي، جُمعت عشر عينات من تربة الريزوسفير المحيطة بجذور نباتات القمح من خمس مناطق مختلفة بمحافظة بني سويف. وقد استُخدمت كل من الطرق المعتمدة على الزراعة والطرق غير المعتمدة على الزراعة )التحليل الميتاجينومي(. ركز التحليل الميتاجينومي على تحديد الرتب السائدة من الأكتينوبكتيريا، في حين جرى تحديد العزلات المستزرعة من خلال تسلسل جين 16S rRNA. وأظهر التحليل الميتاجينومي أن رتبة Acidimicrobiales هي السائدة في مجتمع الأكتينوبكتيريا بنسبة ) 60.0 – 88.0%) ، تلتها رتبة Actinomycetales بنسبة ) 32.7 - 75.6%) ، ثم Nitriliruptorales (1.5 – 4.0%) ، وأخيرًا Solirubrobacterales (2.0 – 6.0%). ، كما تم من خلال طرق العزل التقليدية الحصول على عشر عزلات من الأكتينوبكتيريا، جرى تعريفها على أنها تنتمي إلى أجناس Streptomyces و Saccharothrix و Saccharopolyspora و Nocardiopsis و Actinocorallia. . كما تُظهر النتائج المستخلصة من هذه الدراسة أن بنية مجتمع الأكتينوبكتيريا تختلف بدرجة ملحوظة بين المواقع الزراعية المختلفة في بني سويف، مما يعكس تأثير الظروف البيئية المختلقة. وتؤكد النتائج على الأهمية البيئية للأكتينوبكتيريا في الحفاظ على وظائف التربة وخصوبتها، كما تبرز قيمة دمج طرق التعريف المعتمدة على عزل وتعريف الكائنات الساكنة والطرق غير المعتمدة بالطرق الجينية المختلفة للحصول على تحليل شامل للمجتمعات الميكروبية الساكنة لتربة معينة في بيئه معينة.

Article Details

Authors:

Sallam , Abdel-Aal A. | Tagyan , Aya I. | Mahmoud , Esraa | Hozayen , Walaa G. | Alkhalifah , Dalal Hussien M. | Hozzein , Wael N.

Publisher:

Egyptian Society for Environmental Sciences

Main Topics:

Agriculture

Journal:

Catrina: The International Journal of Environmental Sciences 2025 Vol.35 Issue 1, pp.17-28

Document Type:

Article

Publication Date:

11/2025

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

273184

Frequency:

Annual

pISSN:

16875052

Descriptors:

RHIZOSPHERE

AGRICULTURAL RESEARCH

SOIL

CULTIVATION TECHNIQUES

EGYPT

Actinobacterial diversity

Agricultural soil

Metagenomics analysis

Culture dependent method

Rhizosphere microbiome

Issues

Article Details

Authors: Sallam , Abdel-Aal A. | Tagyan , Aya I. | Mahmoud , Esraa | Hozayen , Walaa G. | Alkhalifah , Dalal Hussien M. | Hozzein , Wael N.

Publisher: Egyptian Society for Environmental Sciences

Main Topics: Agriculture

Journal: Catrina: The International Journal of Environmental Sciences 2025 Vol.35 Issue 1, pp.17-28

Document Type: Article

Publication Date: 11/2025

Document Language: English

Document ID (Org No.): 273184

Frequency: Annual

pISSN: 16875052

Descriptors:

Issues

Authors:

Sallam , Abdel-Aal A. | Tagyan , Aya I. | Mahmoud , Esraa | Hozayen , Walaa G. | Alkhalifah , Dalal Hussien M. | Hozzein , Wael N.

Publisher:

Egyptian Society for Environmental Sciences

Main Topics:

Agriculture

Journal:

Catrina: The International Journal of Environmental Sciences 2025 Vol.35 Issue 1, pp.17-28

Document Type:

Article

Publication Date:

11/2025

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

273184

Frequency:

Annual

pISSN:

16875052