MATHEMATICAL MODELING OF METABOLIC PATHWAYS

Mustafa Bayram; Burcu Özyurt Serim

Article Details

MATHEMATICAL MODELING OF METABOLIC PATHWAYS

Authors:

Mustafa Bayram | Burcu Özyurt Serim

Publisher:

Kütahya Dumlupinar University

Main Topics:

Applied physics

Journal:

Journal of Science and Technology of Dumlupınar University 2008 Issue 016, pp.17-24

Document Type:

Article

Publication Date:

9/2008

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000496333

Frequency:

Quarterly

eISSN:

2687-6167

Abstract:

 


In order to make kinetic analysis of a metabolic pathway, construction of mathematical model describing its kinetics is a major part of the work. In the framework of metabolic kinetic theory, it is assumed that the rate of changes in the concentration of a metabolite ixiX is the sum of the reaction rates, each weighted by corresponding stoichiometric coefficient of riX. Using and vx to denote the rate vector and concentration vector respectively, mathematical model for kinetics of a system can be written as dNvdt=x

where is stoichiometric matrix which represents how the metabolites involved in the system combine. Derivation of conservation relationship which mainly depends on decomposition of stoichiometric matrix plays important roles in constructing mathematical model of the system. In present the study, we have developed a computer program in MAPLE in order to derive all of the conservation relationship for a given metabolic pathway automatically that can be applied to any pathway which may include unlimited steps and intermediate metabolites. NN

.

 


Bir metabolik patway’in kinetik analizini yapmak için, onun kinetik analizini tanımlayan matematiksel modelini inşa etmek en önemli olaydır. Bir metabolik teoride, iX metabolitinin ix konsantrasyonundaki değişimin hızı, sistemde bulunan ve her biri iX metabolitinin stokiyometri katsayısına göre ağırlıklı tane reaksiyonun hızlarının toplamı olarak kabul edilir. ve x sırasıyla hız ve konsantrasyon vektörlerini göstermek üzere, bir sistemin kinetiğinin matematik modeli rv

dNvdt=x

olarak yazılır. Burada metabolitlere ait stokiyometri matrisi, stokiyometri matrisi genelde bir sisteme ait ’ nin ayrışmasına bağlı olan, korunum bağıntılarının çıkarılışında önemli rol oynar. Bu çalışmada, verilen bir metabolik patway için korunum bağıntılarının hepsini çıkarmak amacıyla MAPLE de bir bilgisayar programı geliştirdik. Bu program verilen bir metabolik patway’e ait korunum bağıntılarını hesaplar. Bu metabolik patway de Metabolite ve ara ürünlerde herhangi bir kısıtlama yoktur.

.

Article Details

MATHEMATICAL MODELING OF METABOLIC PATHWAYS

Authors: Mustafa Bayram | Burcu Özyurt Serim

Publisher: Kütahya Dumlupinar University

Main Topics: Applied physics

Journal: Journal of Science and Technology of Dumlupınar University 2008 Issue 016, pp.17-24

Document Type: Article

Publication Date: 9/2008

Document Language: English

Document ID (Org No.): 2000496333

Frequency: Quarterly

eISSN: 2687-6167

Issues

Authors:

Mustafa Bayram | Burcu Özyurt Serim

Publisher:

Kütahya Dumlupinar University

Main Topics:

Applied physics

Journal:

Journal of Science and Technology of Dumlupınar University 2008 Issue 016, pp.17-24

Document Type:

Article

Publication Date:

9/2008

Document Language:

English

Document ID (Org No.):

2000496333

Frequency:

Quarterly

eISSN:

2687-6167